La historiadora oficial de Noja, Mª Luisa de Vitoria, declara que nada se conoce de Noja antes del año 927, año en el que el Cartulario de Santa María de puerto de Santoña cita varias iglesias o edificios dedicados al culto situados en Noja, como pudieran ser la ermita de san Juan, las ruinas de las ermitas del barrio de Helgueras o la misma de San Pedruco, en Ris, situada en el islote del mismo nombre.
En el año 1084 aparecen documentados el monasterio de San Pedro, junto con San Lorenzo de Garbilios (hoy Garbijos) que estaba situado en Helgueras. Con el paso del tiempo, éste segundo desapareció y lo que se mantiene es la actual parroquia, que con diferentes reformas, a partir del siglo XVI se convirtió en el edificio que hoy conocemos.

La vida de los repobladores de Noja, estaba basada en pequeñas comunidades de economía autosuficiente, que fueron creciendo en forma de barrios viviendo de la pesca, la agricultura y la ganadería.

Su vida política se regía por una junta, concejo o asamblea general, que dependía de la Junta de Siete Villas, que eran paradójicamente, nueve, (Isla, Arnuero, Castillo, Ajo, Bareyo, Güemes, Meruelo, Soano y Noja).

El 23 de Enero de 1644 el pueblo de Noja, solicitó al rey Felipe IV su separación de la Junta de Siete Villas, alegando servicios a la corona y pagando a la hacienda real 500 ducados y el 9 de Marzo, el rey concede la merced de la Vara de Alcalde Ordinario, adquiriendo automáticamente la categoría de Villa y rigiendo sus propios destinos de forma independiente.

Desde entonces Noja llevó una vida tranquila, consecuente con su carácter de pequeña villa, sin embargo sus familias tradicionales, de las cuales queda constancia en las diferentes casonas y palacios que aún quedan en pie, dieron muy ilustres figuras que hicieron páginas de la historia en una proporción verdaderamente sorprendente.

También artesanos de la piedra, campaneros y ebanistas, han dejado su obra y llevado el nombre de Noja hasta lugares tan grandiosos y universales como los Jerónimos de Lisboa y las catedrales de Burgos y de Colonia.